专科院校与高职院校，本质上都是专科层次的高校，但差异还是很明显的。
按照教育部对于高校命名的相关要求，教育类、医学类、政法类专科层次的高校，应该以“某某高等专科学校”命名，比如：南阳医学高等专科学校，这个就是我们通常说的“高专”或者是“专科”院校；除了上述三大类型以外，其它类型的专科层次的院校，命名时，要有“高等”、“职业”字样，也就是我们通常说的高职院校。
但近些年，因为政法类专科层次的高校，要么由省公安厅直属，要么由省司法厅直属，在学校命名上，并没有严格遵守这一规定；（由教育厅或者政府直属的，基本上都符合规定）而职业院校部分，由于原有的中职院校，绝大部分都已经升格为高职院校甚至被本科院校合并了，所以也有一些高职院校，名字里面没有“高等”二字。
需要说明的是，目前还有少数电力类专科院校，是以“高等专科”、“专科”命名的。例如：重庆电力高等专科学校、山东电力高等专科学校等。
从培养方式上，强调“高等专科”、“专科”的院校， 尽管是专科层次，它强调的是一个“专”，在学生的培养上，更加侧重理论、学术；而高职院校，它强调的是“职业”，也就是比较侧重于学生的职业技能培养，强调的实践能力！
至于说如果选择的话，在分数允许的情况下，在学校的选择上，应该尽可能地去选择公办院校；专业选择上，如果是高职院校的话，应该是去选择那些有一定行业门槛的专业，专业划分得越详细越好，尽可能不要去选那些“万金油”或者是名字听起来高大上的专业，比如：国际贸易、企业管理、国际金融等。
至于说选高职院校还是高专院校，这个没有一个标准的，还是要结合自身的分数、兴趣、爱好、以及对于未来的职业规划，综合考虑比较好。
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