在最新自然指数排名中，北京大学位居国内高校第1、全球高校第4位，中国科学院大学排名国内高校第2位、全球高校第7位，中国科学技术大学位居国内高校第3位、全球高校第8位。排名进入国内高校前十名的其他高校分别为：南京大学、清华大学、浙江大学、复旦大学、上海交通大学、中山大学、南开大学。此外，南方科技大学、四川大学、武汉大学则进入了全球高校前50位。
据悉，2014年11月首次发布的自然指数（NatureIndex）是依托全球顶级期刊（《自然》系列、《科学》《细胞》等82种自然科学类期刊），统计各高校、科研院所（国家）在国际上最具影响力的研究型学术期刊上发表论文数量的数据库。运用这个数据库，可以根据各机构论文发表数量及类别来进行排名和期刊索引。目前，自然指数已发展成为国际公认的能够衡量机构、国家和地区在自然科学领域的高质量研究产出与合作情况的重要指标，在全球范围内有较大影响力。
