先说相同点：三所高校，都有着中科院背景。
但具体来讲，区别还是挺大的！
按照学校官网的说法：1、中国科学技术大学是中国科学院所属的一所以前沿科学和高新技术为主、兼有医学和特色文科的综合性全国重点大学。
2、中国科学院大学简称“国科大”，是一所以科教融合为办学模式、研究生教育为办学主体、精英化本科教育为办学特色的创新型大学；是中国科学院“率先建成国家创新人才高地”任务的重要承担者，是完成“出成果、出人才、出思想”战略使命的重要依托。
3、上海科技大学是一所由上海市人民政府与中国科学院共同举办、共同建设，由上海市人民政府主管的全日制普通高等学校。
实际上，对于国科大的身份，或者说它是否属于我们传统意义上所认识的高校，是有着争议的。
2022年2月，第二轮双一流评选结果出炉。国科大两个学科：化学、材料科学与工程入选世界一流学科。一方面，算是肯定了国科大的高校身份；但另一方面来讲，第4轮学科评估中，国科大刷屏一般的A+学科，最终仅有化学、材料科学与工程两个学科入选世界一流学科，也从另一个方面告诉我们，关于国科大的争议，依然存在。
至于说中科大和国科大，谁是“老子”，谁是“儿子”，似乎有些成为糊涂账的意思。顺便说一下，这方面，个人站队中科大。
客观来讲，国科大的建校基础是中国科学院大学中科大研究生院；但是，由于安徽的极力挽留以及大力支持，由于历史原因迁往合肥的中科大，发展得非常好，似乎和北京渐行渐远。国科大的成立，某种程度上讲，似乎也是无奈之举。
但在2012年正式更名以后的国科大，却走上了和中科大截然不同的路子，大肆扩张，在全国多个省份，依托中科院以及国科大，建立国科大的二级学院；比如国科大成都学院、南京学院、广州学院等。
甚至于，大学级别的中国科学院深圳理工大学，其背后也有着国科大的身影。
需要强调的是，年轻的上海科技大学，作为“小而精”高校的典型代表，和南方科技大学一起，在第2轮双一流评选中，成功入选。至此，中科大、国科大、上科大，这三所有着中国科学院背景的高校，全部进入了双一流行列。
个人的观点是：中科大大学味道最浓、最纯正；国科大某种程度上讲，更像科研院所；最为年轻的上海科技大学，最有朝气，同时，它的本科生升学比例，超过80%，是国内所有高校中最高的。
