1.性质不同：中国科学院是中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。中国工程院是中国工程技术界最高荣誉性、咨询性学术机构，是国务院直属事业单位。
2.职责不同：中国科学院主要负责国内顶级科学技术和学术理论的研究，为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。中国工程院主要负责工程技术领域的研究，是中国工程技术界最高荣誉性、咨询性学术机构，为国务院直属事业单位。
3.组织形式不同：中国科学院实行院长负责制，组织结构比较独特，除了书记处，还有政治部、学部、基金委、战略咨询委员会、办公厅这几个部门，统筹全院业务工作。中国工程院组织形式相对比较单一，主要为院主任负责制，各职能部门执行院主任的命令。
4.科研重点不同：中国科学院主要从事自然科学领域的研究，尤其在数学、物理、化学、天文学、地球科学等基础学科方面有着雄厚的研究实力。中国工程院则主要从事工程技术领域的研究，尤其在电子、机械、建筑、水利、交通等工程技术方面有着广泛的研究成果和经验。
5.人才培养不同：中国科学院以培养自然科学和工程技术方面的杰出人才为主要目标，同时也注重培养科技管理人才和领导人才。中国工程院则主要培养工程技术方面的高级人才，尤其是电子、机械、建筑、水利、交通等工程技术领域的专家。
