1998年5月份，为了实现现代化，我国高等教育界提出要有若干所具有世界先进水平的一流大学，于是便有了985工程。该工程的目的是重点支持大陆的一批高校优先发展，成为世界知名的大学。首批入选985工程的高校共九所，分别是北京大学、清华大学、复旦大学、上海交通大学、浙江大学、中国科学技术大学、南京大学、西安交通大学和哈尔滨工业大学。后来，随着其他高校的陆陆续续加入，985工程的大学名单扩充到了39所。但是，后面增加的学校定位是“创建世界知名高水平大学”。
C9高校联盟便是由我国首批985工程高校的九所顶尖大学组成的。最早于2009年10月正式启动，目的是共享资源，加速发展。同时九校之间有更多的合作交流模式，比如本科生交流和研究生联合培养；联合开展教材建设，教学与教改研究；联合开展青年教师教学能力和青年导师队伍培训工作；建立9校间博士学位论文网上相互评审系统，共同提高博士研究生的培养质量等等。
中国C9联盟的任何一所高校都是我国大陆的顶尖大学，其地区分布主要集中在我国的直辖市和东南沿海城市。其中北京大学和清华大学，位于我国的首都北京市，也是C9高校联盟中实力最强的两所大学。复旦大学和上海交通大学位于上海市，由于有魔都的地域加成，这两所学校每年的高考录取分数线仅次于清华大学和北京大学。其余五所学校位于我国五个省的省会城市，浙江大学位于浙江省会城市杭州市；中国科学技术大学位于安徽省会城市合肥市；南京大学位于江苏省会城市南京市；西安交通大学位于陕西省会城市西安市；哈尔滨工业大学位于黑龙江省会城市哈尔滨市。
C9联盟的9所高校基本位于我国的东南沿海地区、华北地区、中部地区和西北地区。特别是其中的中国科学技术大学，很多家长和考生会误以为这所大学在北京市。其实这所学校最初确实创建于北京，但是早在1970年初，学校就已经迁至安徽省合肥市。并且中科大创办少年班、首建研究生院、建设国家大科学工程等影响非常大，其科技实力之强在世界范围内都是公认的！
