企业是科技创新的主体。种业创新，也应当让种业企业唱主角。种业企业，特别是优势种业企业，对技术、人才、资源、资本等创新要素具有强大的组装能力，就像电脑主板一样，使科研、生产、市场、投资等能找到相应的“接口”，从而推进创新成果加速产出和转化。
但现状是，我国种业企业大多小、散、弱，科研投入不足，自主研发能力薄弱。种业创新力量更多集中于科研院校。受限于评价机制与体制机制障碍，科研与生产两张皮问题凸显。一个直观的表现是，选育出的新品种很多，真正能够在市场上推得开、叫得响的好品种依然稀缺。
因此，必须加快构建以企业为主体的商业化育种体系，引导资源、技术、人才、资本等要素向优势种业企业集聚，同时不断优化营商环境，加强知识产权保护，营造健康的创新土壤。
强化企业的主体地位，并不意味着削弱科研院校的作用。在种业创新中，科研院校与种业企业应当相向而行，优势互补，各施所长，构建紧密的利益联合体。科研院校应当发挥技术、人才优势，聚焦基础研究领域，为种业企业创新提供底层技术支持；种业企业则应在应用型创新方面发力，直面产业与市场所需，加速创新成果转化。
