二级主任科员是公务员职级序列中的一种，有“小正科”之称，可以享受正科级的工资待遇。自公务员可以实行职务与职级并行制度之后，公务员的发展就有两个方向：职务和职级，二级主任科员的下一步发展也是如此。
第一，转任或晋升职务。二级主任科员虽然是职级，但一样可以转任职务或晋升职务。二级主任科员可以转任正科领导职务。单位如果有正科领导职务空缺，二级主任科员可以直接转任，没有任职年限的要求，不过要具备担任正科领导职务的其他任职条件，如管理能力、群众基础等等。二级主任科员晋升正科领导职务之后，工资会有小幅提升，可能在几十元到200元左右。二级主任科员也可以直接晋升副处领导职务。晋升副处领导职务要任二级主任科员三年以上，同时也需要满足晋升副处领导职务的其他条件，如学历、工作经历、群众基础等等。二级主任科员直接晋升副处领导职务是非常规晋升，只有极其优秀的才有可能，现实当中有些名校毕业的博士研究生可能可以这样晋升。二级主任科员直接晋升副处领导职务，工资会有大幅提升，有几百元到1,000来元的涨幅。最大的变化还是由职级变成职务，有着领导职权和责任，可以享受相应职务的政治待遇、工作待遇和生活待遇。
第二，晋升职级。二级主任科员是职级，晋升职级是其最常规的发展。二级主任科员，下一步晋升就是一级主任科员。要晋升一级主任科员，需要任二级主任科员或正科职务两年以上。晋升职级也不是满足任职年限要求就可以晋升，一般是有比例限制的，也需要满足其他一些任职条件。在省级以上机关，一至四级主任科员没有比例限制，晋升相对容易一些，但在市县乡机关，一至四级主任科员不能超过综合管理类公务员职数的60%，而且一级和二级主任科员的比例不能超过一至四级主任科员的50%。这里的职数不是公务员的实有人数，而是编制数，因为大多数单位都是超编的，所以职数比实际要少。假设单位编制数为30人，那么可以设置一至四级主任科员18人，其中一、二级主任科员9人。看着比较多，但实际上只有在临近退休时才有可能得到晋升。因为基层单位大多超编严重，我们单位实有公务员15人，但实际编制只有7个，晋升的竞争压力很大。还有很多正科领导职务兼任一级主任科员职级，从而使得一些二级主任科员没有机会晋升一级主任科员。晋升一级主任科员最大的好处就是下一步可以晋升四级调研员，达到享受副处级工资待遇的目的。
综上所述，二级主任科员下一步最可能的发展是晋升一级主任科员职级，但在市县乡有比例的限制，很多也只能在临近退休时才可以晋升。二级主任科员下一步的发展还可能晋升正科领导职务，不过会有更多的领导职权和责任。二级主任科员也可以直接晋升副处领导职务，但这种案例也非常少，只有极其优秀的一些高学历人才才有机会。
