39年工龄的公务员还是科员，怎么可能？但确实有一些存在，应该是极少数的。这样的科员，无论是任职多少年，也都里套改为一级科员职级，但可以根据任职年限晋升职级，最高可以晋升到三级主任科员。
如果是在县级以下机关，根据2015年颁布实施的《关于县以下机关建立公务员职务与职级并行制度的意见》，若那时候是办事员，则必定满足任办事员满8年，级别达到25级，可以晋升为科员。那么可以在2019年6月套改为一级科员，并且到2022年，累计任一级科员、科员的年限为7年。根据现行公务员职级并行的相关规定，晋升四级主任科员，需要任一级科员满两年以上；晋升三级主任科员，需要任四级主任科员或乡科级副职满两年以上。
而公务员可以进行一次套改，原任职年限可以用于两次晋升，之后才清零。也就是说，任职科员或一级科员总共有7年，晋升四级主任科员用去两年，之后再晋升三级主任科员也用去两年，剩余的三年不能再用于晋升职级，只能清零。但在县级以下机关，职级晋升的职数是非常少的，即使满足条件，也可能只晋升一次，甚至一次都不晋升。所以，这种情况下，可以套改为一级科员，最高可以晋升到三级主任科员，大多数情况只能晋升到四级主任科员。
如果是在县级以下机关，在2019年6月之前已经担任科员职务，也满足任科员级或科员满12年，级别达到23级，那么同样可以根据《关于县以下机关建立公务员职务与职级并行制度的意见》，晋升为副科级。虽然还是科员职务，但享受副科级的工资待遇。在2019年6月时，根据现行的公务员职务职级并行规定，套改为四级主任科员。到现在，任四级主任科员已经超过两年，可以晋升三级主任科员。同样是可能，而不是一定能。这种情况下，可以套改为四级主任科员，最高可以晋升为三级主任科员。
如果是在县级以下机关，在2019年6月前不满足任科员级或科员满12年，级别达到23级的条件，那么就丧失了可以晋升副科级的机会。在2019年6月时只能套改为一级科员，之后最好的情况就是连着晋升两级到三级主任科员，最差的情况就是没有任何晋升，维持一级科员不变。
如果是在市级及以上机关，39年工龄，因为不适用《关于县以下机关建立公务员职务与职级并行制度的意见》，在2019年6月前可能晋升职级。那么到现在，任职科员或一级科员的总年限应该能够超过4年，满足连续晋升两次的条件。同样可以在2019年6月10套改为一级科员，最高可以晋升到三级主任科员。因为在市级以上机关，三、四级主任科员的职数还是比较多的，特别是在省级以上机关，一至四级主任科员的职数不受限，晋升到四级主任科员完全没有问题，晋升到三级主任科员也有很大的机会。
综上所述，39年工龄的科员，一般套改为一级科员，最高可以套改为四级主任科员；一般可以晋升到四级主任科员，最高可以晋升到三级主任科员。
