三级主任科员的工资和副科实职是不一样的，一般来说，三级主任科员的工资要比副科实职高一些，但高得不多，大概在200元左右。个别地区可能对担任实职的公务员设置更高的补贴、绩效奖系数，可能存在实职副科的实际收入还要比三级主任科员更高的情况。
三级主任科员是公务员的一种职级，副科实职，也就是乡科级副职，是公务员的一种职务，两者有一些区别，但也有一些相同之处。三级主任科员、四级主任科员和副科实职都属于副科级，但三、四级主任科员只享受相应职务层次的工资、医疗等待遇，不能享受副科实职可以享受的行政待遇和工作待遇。
三级主任科员的晋升方式有两种：一种是晋升职级，任三级主任科员满两年，且单位有二级主任科员的职数空缺，可以晋升二级主任科员。另一种则是晋升职务，任三级主任科员、四级主任科员、乡科级副职每级任职满两年，可以晋升乡科级正职。副科实职的晋升方式，同样也是两种，任职满两年可以晋升三级主任科员，也可以晋升乡科级正职。
由此可见，副科实职到三级主任科员属于职级晋升，工资待遇肯定会有一定的增长，但因为三、四级主任科员和副科实职都同属副科级，工资待遇增长不多。三者工资待遇相比，三级主任科员>乡科级副职>四级主任科员，相邻两者的工资待遇差距大约也就在200元左右。正因为工资待遇有着这样的关系，所以，很多人通俗地把三级主任科员称作“大副科”，把四级主任科员称作“小副科”。
举一个当地的例子。小李由乡科级副职晋升三级主任科员，职务职级工资由990元增长为1060元，工作性津贴由1260元增长为1320元，生活性补贴有1900元增长到1985元，其他保持不变，总额增长215元。职级晋升没有跨越级别，对于级别工资、高温补贴等是没有影响的。我们这边科级以下的公务员，公务交通补贴都是650元，副科级的基础绩效奖都是1250元，由乡科级副职晋升三级主任科员，对这几项也没有影响。
综上所述，三级主任科员和实职副科的工资是不一样的，一般三级主任科员的工资要比实职副科的工资要高一些，但因为同属副科级，没有跨越级别，工资大概高200元左右。有些地方可能对担任实职的公务员在一些补贴、绩效奖等方面设置比职级公务员更高的比例系数，可能会造成最终的收入，三级主任科员还不如实职副科。
